Spatiotemporal dynamics of ethylene biosynthesis shape infection and nodule initiation in Medicago truncatula
该研究揭示了在蒺藜苜蓿中，乙烯生物合成通过 MtACS3 和 MtACS10 基因在根组织中的特异性时空重编程，协调了根瘤菌侵染与根瘤起始的平衡，并界定了根部的易感区域。
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plant biology
311 篇论文
Differential photoperiodic control of morning and evening expressed transcripts in tomato
该研究通过高分辨率 RNA-seq 时间序列分析，揭示了番茄中晨间与晚间表达转录本对光周期存在差异性的转录调控机制，其中晨间转录本作为参考信号感知光周期，进而协调晚间转录本通过重合机制测量光周期长度，从而阐明了植物光周期适应的分子基础。
Streptomyces enrichment in roots during drought is uncoupled from plant benefit and is driven by host suppression of iron uptake and immunity
该研究揭示干旱通过抑制植物免疫和铁吸收通路驱动链霉菌在根际富集，但这种富集与植物获益解耦，后者主要受链霉菌种内拮抗作用调控。
PPR9 mediates mitochondrial nad transcript maturation required for complex I biogenesis and early plant development in Arabidopsis
该研究揭示了拟南芥线粒体 PPR 蛋白 PPR9 通过促进多个关键呼吸复合物 I 亚基基因（如 nad2 和 nad7）的内含子剪接与成熟，调控线粒体氧化磷酸化功能，从而对植物早期胚胎发育及生长至关重要的机制。
The MBW complex regulates volatiles in petunia flowers: EOBV interacts with AN1 to suppress biosynthesis of phenylpropenes
该研究揭示了 EOBV 作为 MBW 复合物的新组分，通过与 AN1 相互作用负调控苯丙烷类挥发物的生物合成，并协调花色素、花香及高温下的花发育。
The Arabidopsis nucleoporins 98A/B are essential for NLP7 nuclear accumulation in response to nitrate
该研究揭示了拟南芥核孔蛋白 NUP98A/B 通过与转录因子 NLP7 相互作用，调控其在硝酸盐信号刺激下的核内积累，从而对植物氮素利用及生长发育发挥关键作用。
A high-quality genome assembly and integrative data portal (Phabase) for the Mesoamerican black bean (Phaseolus vulgaris cv. Negro Jamapa)
本研究利用 PacBio Hi-Fi 技术完成了墨西哥重要食用及模式品种“内格罗·哈马帕”（Negro Jamapa）黑豆的高质量染色体水平基因组组装，并构建了整合了该基因组、BLAST、JBrowse 及多组织表达图谱的综合性数据门户 Phabase，以推动菜豆的功能基因组学研究与育种加速。
Regulation of spikelet number during wheat spike development
本文综述了调控小麦穗小穗数（SNS）的基因网络及其发育机制，指出该性状受分生组织身份基因和成花素共同调节，并探讨了通过突变诱导额外小穗或分枝的育种潜力与挑战，同时强调多组学技术正加速高产小麦品种的开发。
BOTANIC-0: a series of foundation models for plant genomic data
本文介绍了 Botanic0 系列植物基因组基础模型，该系列包含 1 亿至 10 亿参数，在 43 种系统发育多样的植物基因组上进行预训练，并在零样本和微调设置下于多种基因组预测任务中展现出与最先进模型相媲美的性能，从而为作物改良和基因型到表型建模奠定了基础。
Tissue- and Age-Specific Transcriptomic and Metabolomic Analysis Reveals Regulatory Mechanisms of Ginsenoside Biosynthesis in Panax notoginseng
本研究通过整合多组织与多发育阶段的转录组及靶向代谢组数据，揭示了人参皂苷在三七中的时空积累模式，并鉴定出 AT3G12130、SPL9、MYB33 和 SPL1 等关键转录因子作为调控其生物合成酶表达的核心候选因子。
A conserved root-knot nematode effector targets plant kinesin light chain related proteins to promote parasitism
该研究鉴定出一种在五种主要根结线虫中保守的效应蛋白 EFF17，它通过靶向植物驱动蛋白轻链相关蛋白（KLCR）来促进寄生并诱导根结形成。
Molecular and phenotypic footprints of climate in native Arabidopsis thaliana
该研究通过整合自然生境下超过 3000 株拟南芥的表型与转录组数据，利用机器学习成功预测并验证了包括 PIF4 在内的温度响应调控因子，证明了景观转录组学是连接气候波动、基因表达与植物表型并实现气候适应性功能基因组学预测的可扩展框架。
The INO80-EEN complex prevents genomic rearrangements at protein coding genes regions
该研究利用多种生物学技术和第三代测序技术，揭示了拟南芥中 INO80-EEN 复合物在调控植物生长发育及维持基因组完整性方面的新功能，特别是其在体细胞和 UV-B 照射下防止蛋白质编码基因区域发生结构重排的关键作用。
CORNICHON HOMOLOG 5-dependent ER export of membrane cargoes in phosphate-starved Arabidopsis root as revealed by membrane proteomic analysis
该研究通过膜蛋白质组学分析揭示了拟南芥中磷酸饥饿诱导的 ER 货物受体 AtCNIH5 作为低磷响应枢纽，通过特异性调控 PHT1 等膜蛋白的 ER 输出及细胞壁相关代谢，从而增强植物在低磷环境下的生长适应性。
MicroRNA166-REVOLUTA-auxin module affects tuber shape, color and productivity in potato
该研究揭示了 miR166-REVOLUTA-生长素模块通过调控生长素稳态，进而影响马铃薯块茎的形态、颜色及产量的分子机制。
Semi-automated image analysis of root architecture and early root development in faba bean and white clover and genomic estimation of breeding values and correlations
该研究通过半自动图像分析技术评估了蚕豆和白三叶草的早期根系发育，并证实了温室根系表型与田间产量之间存在显著的遗传相关性，表明早期根系筛选可作为提升北欧地区豆科作物育种效率的有效策略。
Baseline Inventory of the Bryophytes of Grand Staircase-Escalante National Monument, Utah
该报告通过跨越40个样地的初步调查，建立了犹他州大阶梯-埃斯卡兰特国家纪念碑的苔藓植物基础名录，记录了117个分类单元（包括49个犹他州新记录种和2个未描述物种），并指出峡谷生境是多样性热点，为未来监测干旱区苔藓植物多样性及气候变化影响提供了基线数据。
Variance in Calvin-Benson cycle intermediate levels between closely-related species in the tomato clade
本研究通过对番茄亚属五种近缘物种的卡尔文循环中间产物进行 profiling，发现其代谢水平存在显著差异且受物种亲缘关系与特定谱系适应的共同影响，揭示了该循环在物种间的动态平衡（poising）具有多样性。
Stem photosynthesis is coordinated with seasonal growth activity in two temperate tree species
该研究通过对两种温带树种的观测发现，茎干光合作用与呼吸作用在季节上高度协调，其活性随生长活动和水分状况同步变化，而叶绿素含量对季节性波动的解释力相对较弱。
Two chromosome-level genome assemblies of Sarracenia reveal repeat-driven expansion and gene loss associated with carnivory.
该研究通过组装两种食虫猪笼草属（Sarracenia）植物的染色体水平基因组，揭示了食性演化伴随着由重复序列驱动的基因组扩张以及光合作用和免疫相关基因的大规模丢失，而非基因家族的广泛扩增。